故宫学研究院是在原有的建制单位研究室、故宫学研究所及原非建制机构故宫研究院的基础上，经报文化和旅游部批准，于2024年8月成立的实体学术研究部门。故宫学研究院以“故宫学”研究建设为宗旨，推动故宫学术的繁荣与发展。为此以打造知名专家团队，建立咨询智库，搭建开放式高端平台，汇集海内外学术资讯为核心，引领文博学术，实现“故宫学”学术研究、人才梯队培养、著作出版和对外交流的高质量发展。目前下设12个研究所，1个研究中心。
“故宫学”概念从提出到建设，至今走过了22年时间。2003年，郑欣淼院长在南京博物院成立70周年举办的“博物馆馆长论坛”上正式提出“故宫学”的概念，并在2004年在《故宫学刊》创刊号上发表《故宫学述略》，其后又有《故宫学纲要》等系列文章，对“故宫学”的内涵进行全面阐述。指出故宫学的性质应该属于综合性学科，是以故宫及其历史文化内涵为研究对象，集整理、研究、保护与展示为一体的综合性学问和学科。2023年，在“故宫学”提出20周年之际，王旭东院长在《故宫博物院院刊》发表文章《故宫学二十年——内涵、使命与展望》，进一步系统性阐释了故宫学的学术内涵，包括对故宫学基本概念的理解和研究对象的剖析，并提出故宫学研究的使命和展望。
故宫学的主要研究对象包括以下四大方面：第一，故宫古建筑群；第二，与故宫有关的文物、古籍、文献和档案，既包括故宫博物院所藏，也包括收藏于国内外各处的其他清宫旧藏文物、古籍、文献和档案；第三，明清宫廷历史文化；第四，故宫博物院院史。四方面内容具有紧密的、内在的历史联系，包含清晰的、稳定的文化脉络，是一个有机的文化整体。
“故宫学”的产生萌芽于故宫博物院的成立，故宫博物院一开始就定位于一个学术机构。紫禁城古建筑、稀有珍贵的古物和卷帙浩繁的典籍由此逐渐进入学术研究的视野。中华人民共和国成立以后，故宫的研究在老一辈先生们的带领下，奠定了深厚的学术基础，如唐兰、罗福颐对院藏青铜器的编目制档，徐邦达等先生在书画研究上创立的“鉴定学派”，陈万里、冯先铭等先生在古陶瓷研究上创建的“窑址调查派”，单士元等先生开辟的“宫廷建筑派”等，逐渐自成体系，形成独具特色的“故宫学派”。在前代学者奠定的传统之下，一代代故宫学人典守文物，注重学术传承，在古建筑研究与保护修缮、院藏文物及有关故宫的档案文献的整理与研究、明清宫廷历史文化研究、故宫博物院院史梳理、学术与文化交流以及未来发展体系构建等诸方面，都取得了丰硕的成果。
进入21世纪，故宫博物院在深刻总结历史经验的过程中，在中国传统文化知识体系内不断探索建构现代学术体系。2013年设立故宫研究院，下设研究所，汇集院内学术人才，努力发展成为国家级重大科研项目学术基地和故宫学研究的中心。2021年，故宫博物院将“开展故宫学研究”写入《故宫博物院“十四五”规划》，明确提出“围绕故宫学这一主题，逐步形成学术梯队健全、科研成果丰富、学术平台发展良好、社会影响力较大的学术科研体系”的发展目标。
故宫学研究院的成立，是按照新时代、新要求、新任务应运而生，是故宫博物院事业发展与故宫学术研究发展的必然结果。故宫学研究院较之以往故宫研究院的组织形式有三点变化。一是机构性质的变化。与故宫研究院的非建制性质不同，故宫学研究院已成为建制的实体业务部门，未来将进一步突出学术工作，聚焦核心任务，为重点领域的学术名家组织学术团队，提供保障与服务。二是建院理念的变化。故宫学研究院的成立，将围绕“故宫学”及传统的学术强项，成立新的研究所，凝聚研究力量、突出学术重点。三是学术方向的变化。聚焦“故宫学”研究，做好顶层设计，引领故宫学对故宫及其藏品所承载的中华优秀传统文化进行深入挖掘阐释，倡导将故宫古建筑群、相关文物和文献、明清宫廷历史以及故宫博物院院史进行整体综合研究，是故宫学研究院未来的学术发展方向。
站在中华文明史的高度，深入挖掘与阐释故宫深厚的历史、艺术、科学以及文化、社会等诸多方面的价值，是新时代赋予故宫学的重要使命。故宫学的研究，要从中国文化整体的角度来进行，聚焦中国古代文化的溯源及其传承与发展，充分发挥故宫学研究对文化遗产价值阐释的重要作用。要建立开放的学术体系，将“引进来”和“走出去”相结合。始终贯彻真实完整的保护原则，探索更加科学的保护理念，把对故宫文化遗产的价值挖掘、研究与阐释贯穿在保护工作的全过程中。
故宫学研究院院长：王旭东
故宫学研究院执行院长兼秘书长：王子林
故宫学研究院副秘书长：李文君、徐华烽