裕陵地宫至今还有许多未能解开的谜团。主要有以下几个：
1、裕陵地宫前后有9个券室，前8个券的方向都与地面建筑的中轴线方向一致，也即前8券方向一致，唯独最后的金券与前几券方向不一，出现了明显的夹角。
2、1928年孙殿英盗掘地宫后，溥仪派人到东陵重殓尸骨时，发现裕陵地宫内的6个人中5个人都成了一堆散骨，唯独孝仪皇后尸体完整，皮肉俱存。
3、棺椁四角都用巨大的龙山石卡着，不能升也不能前后左右移动，但在地宫被盗前，乾隆帝的棺椁竟到了棺床之下，顶住了石门。
4、乾隆帝生前，裕陵地宫40多年无水，可是到1928年陵被盗时，地宫里有一人深的水。这些问题至今未得诠释。