南迁文物重回南京之后，下一步应当回归北平故宫。然而此时，国民党政权却决定将南京所藏文物及北平故宫文物精品运往台湾。因马衡院长以文物安全为借口，拖延时间，巧妙、坚决地抵制了国民党政府关于空运珍贵文物去南京的命令，才使北平故宫文物运台一事搁浅。
1948年底，南京所藏文物运台开始。第一批运台文物320箱以海军部所派军舰“中鼎轮”运载，由南京出发，12月27日抵达台湾基隆。押运人：庄尚严、刘奉璋、黄坚、申若侠。
1949年1月6日，第二批运台文物1,680箱以招商局“海沪轮”运载，由南京出发，1月9日抵达基隆。押运人：那志良、吴玉璋、梁廷炜、黄居祥。
1月29日，第三批文物972箱以海军部所派军舰“昆仑舰”运载，由南京出发，2月22日抵达基隆。押运人：孙家畦、王程、吴凤培。
从南京运到台湾的文物共计2,972箱，其中古物1,434箱，图书1,334箱，文献204箱，占南京所藏文物的1/4。