太医院是掌管医疗卫生事业的机构，是御用的医疗衙门。太医之名，古已有之。汉代为太常属官，唐、宋设太医署及局，仍隶属太常。金代始称太医院，隶属于宣徽院。元朝时，太医院始为独立性机构。明朝建国前设医学提举司，后改名太医监。吴元年（1367年）改监为院，秩正三品，设院使、同知、院判等医官。洪武十四年（1381年）降为正五品，俱授以文官散阶。洪武二十二年（1389年），改医官名称，设正官院使一人，正五品。院判二人，正六品。下属机构有惠民药局和生药库，以及制作膏丹丸散的作坊。
　　太医院使的职掌为医疗事务，由院判辅佐。其职掌：一、药品的收贮、辨别和保管。生药库是太医院收贮药材之处。洪武六年（1373年）设御药局，又称御药房。药材按其产地身全国定额征收。嘉靖十五年（1536年）改名圣济殿。由太医院选御医、医士轮流供值。二、疾病的治疗。首先是为皇帝及其后妃看病。为皇室诊病，吉凶莫测，要担很大的风险。其次，还为王公、大臣或外国君长诊治。有时太医院也奉命派员往军营、监狱等处诊病。三、施舍药品，为民诊病。由惠民药局具体负责。此外，太医院还负责外地府州县惠民药局及边关卫所医官、医士、医生的选派和考核。
　　太医院有专业医务人员，称医士、医生。医士的地位高于医生。院内医术分十三科（大方脉、小方脉、妇人、针灸、眼、口齿、接骨、伤寒、咽喉、按摩等），太医院分科如此细密，说明明朝医学有了长足的发展。凡在太医院任官，诸如医官、医生、医士等，都要经过专门训练。其来源是选医家子弟，经考选入院，称医生，由医官系统教授，分十三科经考试合格后，方能任为医士。弘治五年（1492年）规定，习医人员，每季考试，至三年或五年后，选择通晓其业者收充医士，未通晓者，习医一年再考，三考不过，令其返乡。对在职的医生、医士亦有严格的考核。经过严格考试而选择出来的医生、医士，一般说来都具有相当高的专业技能。尤其是在他们从的医过程中，又有定期考核，优存劣汰，使其素质得到保证。同时，因他们从医，不可避免地遇到一些疑难病症，便会以会诊的方式共同探讨，各抒己见，直至治愈。所以太医院又具有医学研究的性质，客观上提高了明朝的医学水平，为中国古代医学的发展做出了贡献。
　　礼部对太医院有监控权。其一表现为礼部对医官、医士、医生有选用、教习、考核、黜陟之权。由于医官等职专业性强，选升中特别强调业务水平。其二表现为礼部对医疗档案、药材保管有稽查之权。