六部按序列为吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部。六部之名始于隋唐。从隋唐到元代，六部虽属中央的重要机构，但不直接隶属于皇帝，或隶属于尚书省，或隶属于中书省，责权有所局限。六部的职掌如下：吏部是管理全国文职官员的机构，故在六部中是最重要的一部；户部是管理全国财政、经济的最高机构；礼部是负责国家礼仪、教化等方面事务的机构；兵部是运用武装力量保护封建国家政权的机构；刑部是运用司法手段维护国家政权的机构；工部是职掌国家土木兴建、水利工程的机构。六部主官为尚书。
　　明初中央政府权力结构基本沿袭元朝的中书省丞相负责制，设中书省作为佐助皇帝理政务的机构。中书省下先置四部，掌钱谷、礼仪、刑名、营造之务。洪武元年（1368年）八月改置六部，仍隶属于中书省。但事实上，六部权轻，遇事多秉承中书丞相的旨意。洪武十一年（1378年），明太祖“禁六部奏事不得关白中书省”。而之前六部奏事要先“关白中书省”，这在一定程度上限制了中书省的权力。洪武十三年（1380年），朱元璋以丞相胡惟庸案为契机，下诏废除中书省和丞相，原中书省的行政职能被分移至六部，各项政令、法规的颁布，官职的设置、任免以及对兵刑钱谷各类政务的组织管理，都由六部指定具体方案，报皇帝裁夺，即所谓“析中书省之政归六部”。废除中书省这一层权力机构，分政于六部，不是单纯的权力下移，而是皇帝高度集权的另外一种形式。皇帝可以更直接有效地控制各行政部门，即使六部的事权加重，也是各自独立，彼此互不相侵，最重要的是实现了皇帝的垂直领导，六部直接向皇帝负责。与此同时，逐步提升监察机构的权力和地位。经过改造以后的中央政府权力结构是一种皇帝高度集权之下的各直属部门之间分权制衡的体制,原有的相权被吏、户、礼、兵、刑、工六部和监察机关七大部门分割，各部门既对皇帝直接负责,受皇帝监督,独立行使职权，又相制相维，相互监督。这次改制之后，六部的地位明显上升。从品秩上看，六部由原正三品衙门上升为正二品衙门。从隶属关系上看，六部由原隶属于中书省转变为直接隶属于皇帝，且职权加重。六部分割了原来丞相的事权，成为皇帝之下中央主理政务的最高一级机构。明初废除丞相以后，官员以六部尚书为尊。随着内阁制度的建立，内阁取得了一些超越六部的权力。但需要指出的是，明代内阁在一定时期内具有凌越六部乃至影响六部施政的趋势，但大部分时间在制度上还不能节制六部，而且常常受到六部的牵制。
　　中书省宰相负责制的废除，吏、户、礼、兵、刑、工、监察七部门分工负责制的确立,使明初再也没有出现像汉、唐那样废立皇帝如儿戏的权宦，也未出现如元代那种挟天子以令诸侯的外朝权臣。在废除相权后的几十年,六部与都察院的长官成为手握重权的七卿。但中枢辅政机构的缺失同样使皇权的有效行使和彻底贯彻，遇到难以克服的实际困难。终洪武、建文、永乐近60年的实践，明代没有找到一个完善可行的方案。仁、宣以后，监、阁共理朝政体制的确立,使明代的皇权永固和政治高效的矛盾得到了一个比较满意的解决,使二者都获得了一个可靠的制度性保证。