卫所制度是明太祖朱元璋模仿北魏隋唐的府兵制、又吸收元朝军制的某些内容而制定的，是明朝军队中最为重要的一项制度。据《明史·兵志》记载，“明以武功定天下，革元旧制，自京师达于郡县，皆立卫所。外统之都司，内统于五军都督府，而上下十二卫为天子亲军者不与焉。征伐则命将充总兵官，调卫所军领之，既旋，则将上民所佩印，官军各回卫所。”凡是防区在一府之内的设所，一府以上者设卫。一卫有5600人，长官为指挥使。一卫辖属5个千户所，一千户为1120人，长官为千户。一个千户所辖属10个百户所，一百户为112人，长官为百户。百户下又分为两总旗和十个小旗，每总旗辖50人每小旗辖10人。此外，还有堡和哨。各卫所分属于各省的都指挥使司，统由中央的五军都督府分别管辖。
　　洪武二十六年（1393年）将全国定为17个都司、3个行都司、1个留守司、329个内外卫、65个千户所。成祖后增设都司为21个、留守司2个、内外卫493个、千户所359个。兵额总数连屯田军在内达到270余万人。
　　为保证军队的兵源及供给，同时又推行了军户和屯田制度。凡军士都是世袭的，单独编户籍，叫作军户。凡各地卫、所皆实行屯田，以保证军饷的供应。军士分为屯田与守城的两部分，屯田者专事耕垦，供应军粮；守城者专务防守操练。军士守城与屯种的比例大致是边地三分守城、七分屯种，内地二分守城、八分屯种。明初一个时期之内几乎无军不屯，军队大体能够屯田自养，屯田的收入成为军饷的主要来源，这就使国家免去养兵之费，大大减轻了人民的负担。遇有战事发生，则由兵部奉旨调卫、所之兵，临时命将充总兵官，发给印信，统兵出征。战事结束，总兵官交还印信，兵士回到卫、所。这样将不专军，军无私将，而军权集于中央。到明中叶，屯田多被军官吞蚀，军士破产逃亡，所存无几，且缺乏战斗训练，仅供地主、军官役使，不能担任防卫职责，遂被募兵代替。
　　清代统治者通过对明代卫所制度的改造和调整重建了新的卫所制度。从顺治元年(1644年)重建到宣统三年(1911年)最后裁撤，其间历经260多年。清代确立了“设卫所以分屯，给军以领佃”的原则，卫所官员由世袭改为任命，具有经济、民事、教育、司法等多方面的职权。除屯田等经济职能外，众多的实土卫所还具有民事职能，管理辖境内的户婚田土、刑名钱谷之事；卫所大都附设有官学，以培养人才，加强教化；卫所还是犯罪充军之所，具有对充军人犯进行监管的司法职能。另外卫所的军事性质虽已被取消，但尚有残存的军事功能。
　　明代卫所制度的建立，在处理和平与战争不同时期军队的驻防和调遣方面具有一定的优越之处，清代卫所制度是对明代卫所制度的继承和发展，职能由原先的军事、经济相结合转变为纯粹的经济职能，对经济的发展有很大的促进作用。