明初洪武时，中书省被撤销，丞相制度被废除，改由内阁制度作为皇帝的辅政部门。内阁制度的发展分为三个阶段：永乐到正德时期(1403—1521年)是内阁制度的建立形成阶段；嘉靖到万历十年 (1522—1582年)是内阁制度的发展阶段；万历十一年到明亡（1583—1644年）是内阁制度的变化和衰落阶段。
　　明代，“内阁”本不是一个机关部门的名称。最早，洪武皇帝使用翰林院的学士、编修、检讨、修撰、侍读等所谓文学侍从官员来协助做一些文墨工作，具体职责是帮助皇帝阅看各机关送来的章奏，执行封驳工作，根据皇帝的意图草拟处理意见等等。他们不能参与重大政务的研究和决策，更不能独自处理问题，仅由于他们经常在宫廷殿阁之内工作，随时听候皇帝的传呼差使，逐渐才被称为“内阁学士”或“大学士”。永乐时期，内阁及其大学士的实际职权发生了实质性变化。永乐皇帝朱棣登基后，立即在全国范围内精选了解缙、胡广、杨荣、杨士奇、胡俨、金幼孜、黄淮等七位年轻有才能的士人进入内阁，并对他们放手重用。在重大军国政务上多征求他们的意见，有意识地吸收他们参与论议国家的核心机密。洪熙、宣德两朝以后，这个机要秘书式的小衙门一度演变成了参决大政的中枢机构，阁臣为首者竟成了位跻三孤、权压六卿的“真相”。内阁掌管各种政策的上传下达以及重要政策的制定，尤其是“票拟”，即代皇帝起草诏书、文件。凡上行下达的诏诰文书皆由内阁大学士起草进画，审署申覆，传达给下级部门依章实施。内阁设有制敕房和诰敕房，诏敕、制诰等文书均由其掌管。制敕房掌办“制敕、诏旨、诰命、册表、宝文、玉牒、讲章、碑额及题奏揭帖等项，一应机密文书，各王府敕符底簿”。诸敕房掌书草“立官诰敕，及翻译赦书，并四夷来文揭帖，兵部纪功，勘合底簿等项”。知制诰多由大学士兼领。宣德以后，诰敕房、制敕房俱设中书舍人，具体承办书诏。自中书省罢废后，成立中书科，隶属内阁。中书舍人乃于文华殿东房、武英殿西房办公。中书舍人在编制上不属内阁，但实际上成为内阁的掾属。从正统以来，皇帝往往不亲政事，阁票入内，例由司礼监承旨批复。虽然二者联合辅政，但内阁职权多为宦官所制。天启时，魏忠贤擅政，以内阁为羽翼，内外大权一归宦寺。崇祯时改革内阁，50人入阁，以防臣下结党，但君臣相互猜忌，救国无方，终至亡国。
　　从明朝的内阁体制看，它自始至终不是明王朝中枢正式的一级行政机构，而是一个无衙置、无印信、无官员定额、无官属、无“专制诸司”职权的顾问秘书机构。阁臣可多可少，多时达10人，少时仅1人，一般约3至5人。入阁之阁臣的品级也无限制，高可达二三品，低只有七八品，因人而异，因时而异。阁臣的任用方法也无严格规定，或出于皇帝的钦命，或录用皇帝在东宫时的旧僚，或由当任阁臣密荐，或由吏部九卿科道官会同推举后由皇帝点用，或经推举后由皇帝拈阉选定。
　　内阁的形成是明代极端君权专制的产物，是历史上翰林侍从潜在的行政职能高度延伸的结果。内阁制度与宦官制度是明代皇权运转的两个轮子，但并没有完全成为封建社会晚期与高度中央集权的君主专制政体完全相适应的辅政体制。