1931年“九·一八事件”后，日本帝国主义占领我国东北，并进逼华北。为谋文物安全，当时遂有选择精品迁址储藏之筹备。文物运输前，院方向行政院和地方军政长官发出密电，请沿途保护。路线避开天津，绕道南下，以免遭日军袭击。列车全部是铁皮车，车顶四周均架起机枪，车两旁逐段有马队随车驰聚，每到一站，地方官派人上车交差。重要关口，车内熄灯。
　　2月7日， 第一批南迁文物起运。古物馆452箱，图书馆602箱，文献馆1,064箱，共2,118箱。吴瀛等监运。3月5日抵沪。
　　3月15日，第二批南迁文物起运。秘书处426箱，古物馆384箱，图书馆44箱、文献馆436箱，共1,290箱。俞同奎等监运。21日抵沪。
　　3月28日，第三批南迁文物起运。秘书处1,013箱又62包，古物馆242箱，图书馆477箱，文献馆1,240箱，共2,922箱又62包。程星龄等监运。4月5日抵沪。
　　4月19日，第四批南迁文物起运。秘书处2,635箱又2包，古物馆829箱，图书馆138箱，文献馆1,033箱，共4,635箱又2包。马衡等监运。27日抵沪。
　　5月15日，第五批南迁文物起运。秘书处1,534箱，古物馆724箱，图书馆154箱，共2,412箱。俞同奎等监运。23日抵沪。
　　南迁文物总计13,427箱又64包。附我院一同运沪者另有古物陈列所5,414箱，颐和园640箱又8包3件，国子监11箱。
　　1936年，南京朝天宫文物库房建成后，南迁文物遂分五批运往南京。