文物集中工作始于1946年1月,至1946年9月15日,全部文物均集中至重庆向家坡贸易委员会的临时库房。撤销巴县、乐山和峨眉三个办事处,成立甲、乙、丙三组仓库办事处,由原三个办事处职员分别管理。在重庆的主要任务是防火、防盗、防鼠和白蚁,其中防白蚁成为重点工作之一。
文物东运工作始于1947年5月,至12月9日结束。工作分水陆两线进行。从陆路运往南京的是14箱比较笨重的箱件,其中包括国子监石鼓10箱、石鼓文音训碑1箱和笨重杂件3箱,动用10辆汽车。陆路运输原计划是取道川、湘、赣、皖、苏公路直达南京,由于很多道路损坏、桥梁失修,结果行至南昌时改道九江从水路运输。1947年5月31日从重庆出发,7月26日到达南京。
从水陆运输的文物分批由重庆出发,沿长江水陆运往南京。首批于1947年6月19日自重庆开出,末批11月26日离渝东航,至1947年12月9日东归告竣。