明亡后，琉球便向清朝称臣纳贡。据《中山沿革志》、《琉球国志略》等记载，顺治十一年（1654年），琉球国世子尚质派遣王舅马宗毅等人到北京呈表庆贺，进贡方物，送交“故明敕印”并请命册封。有清一代，琉球除定例二年一次向清政府进贡外，凡遇有清帝登极、新年、万寿庆典等重大活动，琉球国王均派使臣前来奏表并进献贡礼。每当琉球贡使来朝，清帝都要设宴款待，并照例回赐琉球国王大批的礼物，包括蟒缎、彩缎、锦缎等。不仅如此，清帝还赏赐来访的琉球官员数量不等的彩缎、罗、纺丝、绢、毛青布等，以示恩宠。清代皇帝还将喜庆之时的御笔赠予琉球王。康熙二十一年（1682年），康熙皇帝赐御书“中山世土”（中山世代都是琉球王国之国土）。雍正二年（1724年），雍正皇帝赐御书“辑瑞球阳”（祈愿琉球王国安泰幸福）。乾隆三年（1738年），乾隆皇帝赐御书“永祚瀛壖”（祈愿琉球国长治久安）。当年的御笔匾额如今仍被悬挂在原琉球王国首里城正殿二楼，表达了昔日中国皇帝对琉球国民的良好祝福。清廷还在京师设置琉球官学，为琉球国培养了大批人才。琉球贡生在清朝所受待遇极高，在中国的一切费用皆由清政府提供。
    光绪五年（1879年），日本悍然出兵将琉球改为冲绳县，并大肆抢掠中琉往来的文书、文物、宝印以及琉球国的政府档案等，企图销毁隐匿历史的证据。琉球国誓死反抗，秘密派官员赴天津谒见李鸿章，请求中国“尽逐日兵出境”。当时琉球国陈情通事林世功在北京壮烈自杀以抗议日本侵略，请求中国出兵。清政府虽也与日本据理力争，但实力衰落的晚清朝廷早已风雨飘摇，自顾尚且不暇，终究未能派兵援助，琉球王朝从此灭亡。