洪武三十一年（1398年  戊寅）
闰五月	八日，帝病危。十日，卒于西宫，时年七十一岁。遗诏，太孙允炆宜登大位。十六日，朱允炆即皇帝位。以明年为建文元年。同日与皇后同葬钟山之阳，名孝陵。上谥号为“太祖钦明启运俊德成功统天大孝高皇帝，孝慈昭宪至仁文德承天顺圣高皇后。（后有改动）尊母妃吕氏为皇太后。
六月	以受顾命之兵部左侍郎齐泰为兵部尚书，太常寺卿，曾伴读东宫之黄子澄兼翰林院学士，同参军国大事。
七月	齐泰与黄子澄建议削藩。周王朱以谋反罪名被逮捕。征汉中府教授方孝孺至，擢为翰林院侍讲。日侍帝左右备顾问。临朝奏事，臣僚面议之事，命方就殿中批答之。
八月	废周王朱为庶人。又命逮齐王朱榑、代王朱桂、岷王朱楩，燕王朱棣则疑惧。
十月	当初随从燕王来北平的僧道衍密劝燕王起兵。燕王称病，但暗自练兵。
十一月	帝派工部侍郎张昺为北平布政使、都指挥史，谢贵、张信掌北平都指挥使司，并受密旨，监视燕王。
十二月	燕府长史葛诚，奉燕王命奏事京师。帝召见，问府中事，葛诚以实相报。帝遣还，令其在逮燕王时作内应。王有所察觉。
建文元年（1399年  己卯）
正月	命礼部侍郎董伦、王景等十人修太祖实录，又命侍讲学士方孝孺总其事。
二月	追尊朱标为孝康皇帝，庙号兴宗。妣常氏为孝康皇后。尊母妃吕氏为皇太后。册太孙妃马氏为皇后，立皇长子文奎为皇太子。封弟允熥为吴王，允为衡王，允熙为徐王。侍讲方孝孺，为了复古，建言：升六部尚书为正一品，设左右侍中，位在侍郎上。改都察院为御史府，都御史为御史大夫。罢十二道为左、右两院，左曰拾遗，右曰补阙。改通政史司为寺，大理寺为司。詹事府增置资德院。翰林院复设承旨。改侍读、侍讲学士为文学博士。设文翰、文史二馆，文翰以居侍读、侍讲，文史以居修撰、编修、检讨。殿、阁大学士并去“大”字，各设学士一人。改谨身殿为正心殿，增设正心殿学士一人。其余内外、大小诸司及品级、阶勋，均仿《周礼》制更定。帝皆从之。
三月	调兵加强北平周围，并密谕北平左政使张昺、都指挥使谢贵等严为之备。遣刑部尚书暴昭及户部侍郎夏原吉等二十四人充采访使，分行天下。昭至北平得燕王诸不法状，密奏之。
四月	湘王柏自焚死。齐王榑、代王桂皆以罪废为庶人。
六月	岷王楩以罪废为庶人。
七月	诏逮燕府官属。王与护卫张玉、朱能、道衍谋，决定以计取之。伏兵端礼门内，遣人示以朝廷所逮之姓名，张昺、谢贵乃至，伏兵起，擒张昺、谢贵及葛诚，皆斩之。燕王举兵反，上书指斥齐泰、黄子澄为奸臣。并根据祖训所言：“朝无正臣，内有奸恶，则亲王训兵待命，为天子讨平之。”称其师曰“靖难。”爆发“靖难之役。” 帝阅长兴侯耿炳文所率北伐大军败于真定，有忧色，另拜曹国公李景隆为大将军，召炳文还京师。召辽王朱植、宁王朱权至京师，宁王不至乃削其护卫，辽王至京师，亦徙之荆州。是岁，帝建省躬殿。
建文二年（1400年  庚辰）
六月	帝用齐泰、黄子澄计，兵履败，欲求和，尚宝司丞李得成慷慨请行，谕燕王罢兵。王不听，得成附于燕。
八月	承天门灾。诏求直言。方孝孺改午门曰端门，端门曰应门，承天门曰皋门，前门曰路门。从之。
建文三年（1401年  辛巳）
六月	燕王用道衍计，大军直取南京。帝谕燕王罢兵，王不听，帝乃罢齐泰、黄子澄以缓燕兵。
建文四年（1402年  壬午）
四月	燕兵战胜于灵璧。帝召还齐泰、黄子澄，拟割地求和不成。
六月	燕兵渡江。逼京师之金川门。谷王橞、曹国公李景隆开门迎燕兵，都城陷，宫中火起，帝不知所终。齐泰、黄子澄、方孝孺等列入奸臣榜，共八十余人，诛连甚广。文臣杨荣、杨溥、杨士奇等二十余人皆叩马首迎附。十七日，燕王朱棣即皇帝位。复周王、齐王榑。命王府六部：建文中所改易之洪武政令各条皆复旧制。仍以洪武纪年，今年称洪武三十五年。明年改为永乐元年。复诸殿、门旧名。
七月	命翰林待诏解缙为侍读，编修杨荣、杨溥、杨士奇为修撰等。
九月	大封靖难功臣。封丘福为淇国公朱能为成国公，侯伯数十人。命侍读胡广、修撰杨荣、编修杨士奇、检讨金幼孜、胡俨同直文渊阁，预机务，与解缙、黄淮等七人，并朝夕侍左右。
十一月	立王妃徐氏为皇后。